Références

Ils ont fait appel aux technologies et au savoir-faire de XEGEN :

  • IHU « Méditerranée Infection » :
    • Définition d'une stratégie d'assemblage de génomes de bactéries spécifique aux données produites et automatisation du processus
    • Annotation de 200 génomes bactériens,
    • Recherche et étude de gènes de toxine / antitoxine chez un groupe d'espèces bactériennes.
IHU Méditerranée Infection
  • UMR 7268 - ADES : Anthropologie bioculturelle, Droit, Ethique et Santé
    • Analyse des régions variables du gène HLA-G (régions codantes et non codantes)
    • Développement d'un logiciel d'automatisation de typage allélique HLA-G (régions codantes et non codantes)
    • Estimation des haplotypes du gène HLA-G

    « L’UMR7268 est sous la cotutelle d’AMU, du CNRS et de l’Etablissement Français du Sang ; dont l’un des enjeux majeur est d’optimiser les transfusions, greffes et transplantations.
    Notre équipe de recherche étudie les polymorphismes génétiques des gènes HLA de classe I non classiques impliqués dans les mécanismes de tolérance immunitaire.
    Grâce à leur expertise, les membres de la société XEGEN ont validé avec succès un pipeline d’analyse à façon. Nous avons pu ainsi appliquer les outils de séquençage NGS à nos problématiques de recherche, dans des délais très courts et avec une grande qualité de résultats.
    Ce partenariat nous a permis d’avancer de manière significative dans la compréhension de la régulation de ces gènes »

    J. Di Cristofaro, chercheur EFS / UMR7268

  • AmiKana.BioLogics :
    • Analyse de sites de clivages au sein d'une polyprotéine d'origine virale,
    • Développement d'un logiciel d'automatisation de la lecture et de l'interprétation de plaques 96 puits.

    « Notre société de biotechnologie, Amikana.Biologics est spécialisée dans la conception, développement et commercialisation d’outils innovants pour l’analyse des résistances aux traitements thérapeutiques. Partenaire de nos recherches à travers le développement d’outils informatiques sur-mesure, XEGEN a parfaitement su s’adapter à nos problématiques et à nos exigences techniques et économiques. La grande rigueur professionnelle de l’équipe et sa maîtrise des outils bio-informatiques ont produit des résultats à la hauteur de nos attentes. »
    P. Gluschankof CEO & CSO

Amikana.Biologics
« XEGEN dispose d'une forte expérience dans le domaine de la santé »


Publications

  • "Genome sequence and description of Aeromicrobium massiliense sp. nov". Standards in Genomic Sciences (2012) December 19; 7(2): 246–257, Dhamodharan Ramasamy, Sahare Kokcha, Jean-Christophe Lagier, Thi-Thien Nguyen, Didier Raoult, and Pierre-Edouard Fournier
  • "Deciphering Genomic Virulence Traits of a Staphylococcus epidermidis Strain Causing Native-Valve Endocarditis". J. Clin. Microbiol. May 2013 vol. 51 no. 5 1617-1621, Pierre-Edouard Fournier, Frédérique Gouriet, Grégory Gimenez, Catherine Robert and Didier Raoult
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Alistipes obesi sp. nov." Standards in Genomic Sciences (2013) 7:427-439 Perrine Hugon, Dhamodharan Ramasamy, Romain Rivet, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Enterobacter massiliensis sp. nov."Standards in Genomic Sciences (2013) 7:399-412 Jean-Christophe Lagier, Khalid El Karkouri, Ajay Kumar Mishra, Catherine Robert, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Brevibacillus massiliensis sp. nov." Standards in Genomic Sciences (2013) 8:1-14, Perrine Hugon, Ajay Kumar Mishra, Jean-Christophe Lagier, Thi Thien Nguyen, Carine Couderc, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Enorma massiliensis gen. nov., sp. nov., a new member of the Family Coriobacteriaceae". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:290-305, Ajay Kumar Mishra, Perrine Hugon, Jean-Christophe Lagier, Thi-Tien Nguyen, Carine Couderc, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Bacillus massiliosenegalensis sp. nov." Standards in Genomic Sciences (2013) 8:264-278 Dhamodharan Ramasamy, Jean-Christophe Lagier, Aurore Gorlas, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Dielma fastidiosa gen. nov., sp. nov., a new member of the Family Erysipelotrichaceae". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:336-351, Dhamodharan Ramasamy, Jean-Christophe Lagier, Thi Tien Nguyen, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Cellulomonas massiliensis sp. nov." Standards in Genomic Sciences (2012) 7:258-270 Jean-Christophe Lagier, Dhamodharan Ramasamy, Romain Rivet, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Genome sequence and description of Timonella senegalensis gen. nov., sp. nov., a new member of the suborder Micrococcinae". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:318-335, Ajay Kumar Mishra, Jean-Christophe Lagier, Catherine Robert, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Connection of toxin–antitoxin modules to inoculation eschar and arthropod vertical transmission in Rickettsiales". Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases 36 (2013) 199– 209, Cristina Socolovschi, Gilles Audoly, Didier Raoult
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Senegalemassilia anaerobia gen. nov., sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 7:343-356, Jean-Christophe Lagier, Khalid Elkarkouri, Romain Rivet, Carine Couderc, Didier Raoult and Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Kallipyga massiliensis gen. nov., sp. nov., a new member of the family Clostridiales Incertae Sedis XI". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:3, Perrine Hugon, Dhamodharan Ramasamy, Catherine Robert, Carine Couderc, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Bacillus massilioanorexius sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:3, Ajay Kumar Mishra, Anne Pfleiderer, Jean-Christophe Lagier, Catherine Robert, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Megasphaera massiliensis sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 8:3, Roshan Padmanabhan, Jean-Christophe Lagier, Nicole Prisca Makaya Dangui, Caroline Michelle, Carine Couderc, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Halopiger djelfamassiliensis sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:1, Ikram Imene Hassani, Catherine Robert, Michelle Caroline, Didier Raoult, Hocine Hacène, Christelle Desnues
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Bacillus massiliogorillae sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:1, Mamadou Bhoye Keita, Seydina Diene, Catherine Robert, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier, Fadi Bittar
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Clostridium dakarense sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:1, Cheikh Ibrahima Lo, Ajay Kumar Mishra, Roshan Padhmanabhan, Bissoume Samb, Ba, Amy Gassama Sow, Catherine Robert, Carine Couderc, Ngor Faye, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier, Florence Fenollar
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Nosocomiicoccus massiliensis sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:1, Ajay Kumar Mishra, Sophie Edouard, Nicole Prisca Makaya Dangui, Jean-Christophe Lagier, Aurelia Caputo, Caroline Blanc-Tailleur, Isabelle Ravaux, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Holdemania massiliensis sp. nov.".Standards in Genomic Sciences (2013) 9:2, Ajay Kumar Mishra, Jean-Christophe Lagier, Anne Pfeiderer, Thi-Tnien Nguyen, Aurelia Caputo, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non-contiguous finished genome sequence of Phocaeicola abscessus type strain 7401987T". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:2, Veronique Roux, Catherine Robert, Didier Raoult
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Oceanobacillus massiliensis sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2013) 9:2, Veronique Roux, Matthieu Million, Catherine Robert, Alix Magne, Didier Raoult
  • "Non-contiguous finished genome sequence and description of Alistipes massilioanorexius sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2014) 9:3, Anne Pfeiderer, Ajay kumar Mishra, Jean-Christophe lagier, Catherine Robert, Aurelia Caputo, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Genome sequence and description of Neterenkonia massiliensis sp. nov.". Standards in Genomic Sciences (2014) 9:3, Sophie Edouard, Senthil Sankar, Nicole Prisca Makaya Dangui, Jean-Christophe Lagier, Caroline Michelle, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
  • "Non contiguous-finished genome sequence and description of Gorillabacterium massiliensis gen. nov, sp. nov., a new member of the Family Paenibacillaceae". Standards in Genomic Sciences (2014) 9:3, Mamadou Bhoye Keita, Roshan Padhmanabhan, Aurelia Caputo, Catherine Robert, Eric Delaporte, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier, Fadi Bittar

Quelques publications antérieures des membres de l'équipe réalisées lors de travaux dirigés par M.Pontarotti

  • "Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga", Nature 2013 DOI 10.1038/nature12326, Jean-François Flot et al,
  • "Contribution of Lateral Gene Transfers to the Genome Composition and Parasitic Ability of Root-Knot Nematodes", PLOS ONE 2012, 7(11): e50875. doi:10.1371/journal.pone.0050875, Paganini J., Campan-Fournier A., Da Rocha M., Gouret P., Pontarotti P., Wajnberg E., Abad P., Danchin E.
  • "An automated approach for the identification of horizontal gene transfers from complete genomes reveals the rhizome of Rickettsiales", BMC Evolutionary Biology 2012 dec 12, 12:243, Le P., Hemalatha G. R., Guijarro L., Paganini J., Gouret P., Chabrol O., Raoult D. and Pontarotti P.
  • "GLADX: An automated approach to analyze the lineage-specific orthologous gene loss and pseudogenization inMetazoans", PLoS ONE 2012, PLoS ONE 7(6): e38792. doi:10.1371/journal.pone.0038792, Dainat J, Paganini J, Pontarotti P, Gouret P.
  • "The rhizome of life: the sympatric Rickettsia felis paradigm demonstrates the random transfer of DNA sequences", MBE 2011; 28(11) 3213-3223, Merhej V , Notredame C, Royer-Carenzi M, Pontarotti P and Raoult D.
  • "Amphioxus FGF signaling predicts the acquisition of vertebrate morphological traits", PNAS 2011 108 (22) 9160-9165; published ahead of print May 12, 2011, doi:10.1073/pnas.1014235108, Stephanie Bertrand, Alain Camasses, Ildiko Somorjai, Mohamed R. Belgacem, Olivier Chabrol, Marie-Line Escande, Pierre Pontarotti, and Hector Escriva